Фамилия Тышкунов образована от прозвища Тышкун. Оно, в свою очередь, происходит от диалектного глагола «тышкаться», который в вологодских говорах означает «стараться». Скорее всего, это прозвище характеризовало такие качества человека, как старательность, трудолюбивость, кропотливость и др.

Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Тышкунов происходит от канонического мужского имени Тихон. В основе фамилии – производная форма этого имени – Тышкун. Так могли называть маленького ребенка родители и родственники. Само имя Тихон образовано от древнегреческого слова eutychon – «удачливый». Святым покровителем всех Тимофеев является христианский мученик Тимофей, князь Псковский, который был причислен к лику святых после того, как он принял мучения за православную веру. Тышкун, со временем получил фамилию Тышкунов.